?contig

contig發(fā)音

英：　　美：

contig中文意思翻譯

n. 毗連群

contig常見例句

1 、contig sequence───連續(xù)體序列

2 、cosmid contig───cosmid連續(xù)克隆體

3 、contig maps───跨疊片段圖譜

4 、Sequencing analysis of the 323 kb contig of rice chromosome 4 identified a gene cluster encoding 7 dihydroflavonol-4-reductase (DFR)-like proteins within a 56 kb region.───通過對(duì)水稻 4號(hào)染色體一段 32 3kb的序列測(cè)定和分析 ,在其中 56kb的區(qū)域內(nèi)發(fā)現(xiàn)了一個(gè)由 7個(gè)編碼二氫黃酮醇還原酶 (DFR)類似蛋白基因組成的基因簇。

5 、RAD is a contig-oriented database for high-quality manual annotation of RGP, which can present non-redundant contig analyses by merging the accumulated PAC/BAC clones.───**詳情:RAD是經(jīng)RGP高質(zhì)量人工注釋的以序列疊連群為導(dǎo)向的數(shù)據(jù)庫，可以代表了以合并多個(gè)PAC/BAC克隆為方法的非冗余疊連群分析。

6 、Construction of A Bacterial Artificial Chromosome (BAC) Contig Encompassing the Bacterial Blight Resistance Gene Xa4 Locus in Rice───水稻抗白葉枯病基因Xa4位點(diǎn)跨疊BAC克隆群的構(gòu)建

7 、The integrated contig with five sequences was identified to 8, 675bp, exactly, which separately comprised Bos taurus rRNA gene of 18S, ITS1, 5.8S, ITS2 and 28S with the length of l,873bp, 1, 072bp, 150bp, 1, 038bp and 4, 542bp.───采用DNAstar的SeqMan軟件將5個(gè)奶牛rRNA基因片段序列拼接成8，675bp的片段，找出18S rDNA、ITS1、5.8SrDNA、ITS2和28S rDNA大小分別為1，873bp、1，072bp、150bp、1，038bp和4，542bp。

8 、The wildlife reserves a r e concentrated in the western Sichuan, the region around Poyang Lake, the contig uous areas of Sichuan, Guizhou and Hunan.───野生生物類自然保護(hù)區(qū)在川西高原、川黔湘接壤帶和鄱陽湖附近比較集中。

9 、The homology of the fourth contig and coxsackie virus B6 was 97 3% at amino acids level.───部分序列與柯薩奇病毒B6型氨基酸同源率達(dá) 97 3% ;

10 、Contig assembly───序列拼接

11 、contig map───鄰接克隆圖

12 、Contig Construction and BAC1J9 Sequencing and Analysis at Rht-Dlc Locus───小麥Rht-Dlc位點(diǎn)跨疊群構(gòu)建及BAC1J9序列分析

13 、CodonCode Aligner is a program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection, available for Windows and Mac OS X.───資源簡(jiǎn)介：DNA測(cè)序trace圖編輯、突變分析、contig編輯、序列拼接軟件。

Contig N50和Scaffold N50

對(duì)一條染色體進(jìn)行測(cè)序，將測(cè)序得到的reads進(jìn)行拼接，能夠完全拼接起來，中間沒有g(shù)ap的序列稱為contig。 如果中間有g(shù)ap,但是gap的 長(zhǎng)度我們知道，這樣的序列就叫做scaffold。

Contig N50：Reads拼接后會(huì)獲得一些不同長(zhǎng)度的Contigs.將所有的Contig長(zhǎng)度相加,能獲得一個(gè)Contig總長(zhǎng)度.然后將所有的Contigs按照從長(zhǎng)到短進(jìn)行排序,如獲得Contig 1,Contig 2,contig 3...………Contig 25.將Contig按照這個(gè)順序依次相加,當(dāng)相加的長(zhǎng)度達(dá)到Contig總長(zhǎng)度的一半時(shí),最后一個(gè)加上的Contig長(zhǎng)度即為Contig N50.舉例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig總長(zhǎng)度 1/2時(shí),Contig 4的長(zhǎng)度即為Contig N50.ContigN50可以作為基因組拼接的結(jié)果好壞的一個(gè)判斷標(biāo)準(zhǔn).

Scaffold N50：Scaffold N50與Contig N50的定義類似.Contigs拼接組裝獲得一些不同長(zhǎng)度的Scaffolds.將所有的Scaffold長(zhǎng)度相加,能獲得一個(gè)Scaffold總長(zhǎng)度.然后將所有的Scaffolds按照從長(zhǎng)到短進(jìn)行排序,如獲得Scaffold 1,Scaffold 2,Scaffold 3...………Scaffold 25.將Scaffold按照這個(gè)順序依次相加,當(dāng)相加的長(zhǎng)度達(dá)到Scaffold總長(zhǎng)度的一半時(shí),最后一個(gè)加上的Scaffold長(zhǎng)度即為Scaffold N50.舉例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold總長(zhǎng)度 1/2時(shí),Scaffold 5的長(zhǎng)度即為Scaffold N50.Scaffold N50可以作為基因組拼接的結(jié)果好壞的一個(gè)判斷標(biāo)準(zhǔn).

在序列拼接中，為什么說n50越大，拼接效果越好

因?yàn)槿绻鹡50越大，表明那些含有較多堿基的reads就較多，也就是長(zhǎng)片段的reads很多，當(dāng)然拼接的效果也就越好。

舉個(gè)例子，比如一個(gè)基因組大小是1M，測(cè)序得到若干條reads，這些reads進(jìn)行拼接，如果完全可以拼接起來，中間沒有g(shù)ap的序列稱為contig，即連續(xù)的意思。如果中間有g(shù)ap,但是可以知道gap的長(zhǎng)度，這樣的序列就叫做scaffold, 即腳手架（非連續(xù)）的意思。

然后把contig 和 scaffold 從長(zhǎng)到短進(jìn)行排列，然后相加，當(dāng)恰好加到1M的50％，也就是500k的時(shí)候 ，那一條 contig 或者scaffold 的長(zhǎng)度就叫做Contig N50和Scaffold N50。很明顯這個(gè)數(shù)值越大說明組裝的質(zhì)量越好。 

即：從最長(zhǎng)的開始倒數(shù)，數(shù)到長(zhǎng)度為總長(zhǎng)度一半的片段，最后一個(gè)被數(shù)到的片段越長(zhǎng)，說明長(zhǎng)的片段越多，最后組裝的質(zhì)量越好。 

拼接分析原理：

測(cè)序儀器一次測(cè)量的長(zhǎng)度有限，通常會(huì)對(duì)樣本中的序列進(jìn)行飽和式測(cè)量，原始數(shù)據(jù)文件中會(huì)包含大量來自基因不同位置、長(zhǎng)度不同的短序列。拼接工作將這些短序列按照一定順序排列并篩除重復(fù)部分，合成長(zhǎng)序列。