1、vignettes

vignettes發(fā)音

英：　　美：

vignettes中文意思翻譯

常用釋義：小插曲

v.用花飾裝飾；使?jié)u次變淡（vignette的第三人稱(chēng)單數(shù)）

n.小插曲；小片斷（vignette的復(fù)數(shù)形式）

vignettes雙語(yǔ)使用場(chǎng)景

1、Friends paint me vignettes of the past few days.───朋友們向我描述了過(guò)去幾天里的點(diǎn)滴見(jiàn)聞。

2、"I generally write little vignettes about daily occurrences I'd like to remember, " she said.───“我一般習(xí)慣寫(xiě)點(diǎn)東西記下每天難忘的事，”她說(shuō)。

3、Mr Ramo's book is full of engaging vignettes like this.───先生的新書(shū)博引旁征這番引人入勝的奇聞逸事。

4、Depending on your community preference you can upload vlogs, short films and vignettes.───你可以上傳視頻播客內(nèi)容，**短片和廣告，這取決于你的社區(qū)偏好設(shè)置。

5、It also uses readings, vignettes, animation and interactive exercises to help patients deal with factors that interfere with sleep.───它還使用閱讀，小品文，動(dòng)畫(huà)片和互動(dòng)練習(xí)幫助病人處理干擾睡眠的因素。

6、Literally, take a moment to stop, look around and appreciate the little vignettes of beauty no matter where you are.───無(wú)論你在何處，請(qǐng)停下片刻，環(huán)顧四周，欣賞美麗別致的風(fēng)景。

7、And one of the book's best vignettes occurs on the fourth-to-last page, when Meyer reflects on what he misses about Beijing when he's away.───這本書(shū)最精彩的部分是在小說(shuō)第四章最后一頁(yè)，在那里梅耶?dāng)⑹隽讼氲阶约弘x開(kāi)北京時(shí)的無(wú)限眷念之情。

8、We see a sequence of vignettes over the next few days, of Josh and Zuleika together, in the village and the forest.───我們看見(jiàn)一系列在接下來(lái)幾天發(fā)生的事---Jake和Neytiri在一起（場(chǎng)景有村莊，森林）。

9、However, despite material that is rich in both vignettes and interviews, Mr Ricks's book comes as something of a disappointment.───瑞克斯的著作中盡管有豐富的小插曲和訪(fǎng)談，但仍然令人多少有些失望；

vignettes相似詞語(yǔ)短語(yǔ)

1、avignon france singing nuns───阿維尼翁法國(guó)歌唱修女

2、avignon───n.[紡]阿維尼昂綢

3、stamped travel vignette───印花旅行小插曲

4、avignon table lamp───阿維尼翁臺(tái)燈

5、avignon papacy───阿維尼翁教皇

6、avignon river───阿維尼翁河

7、sauvignon blanc───白蘇維濃（一種白葡萄酒，又名長(zhǎng)相思）；白索維農(nóng)葡萄； （加利福尼亞）白索維農(nóng)酒

8、rose de vigne───藤蔓玫瑰

9、avignon france───法國(guó)阿維尼翁

10、carbinet sauvignon───卡賓尼蘇維翁

2、2022-07-11 （6）

回顧：上周工作中，算是找到了組間特異的Gene usage，但聚類(lèi)不成功，解決方向是提取出組內(nèi)特異的CDR3序列，進(jìn)行聚類(lèi)，若還是不成功，也許能聚類(lèi)CDR3上特異的有規(guī)律片段。

多樣性因?yàn)榻Y(jié)果不理想先暫時(shí)放一下。

設(shè)想是，如果核酸和氨基酸序列聚類(lèi)不了，是不是可以找到序列在其他方面的相似性，總之就是找到每組特異的部分，所以分析的方向還有“氨基酸頻率、氨基酸偏好、motif、VJ配對(duì)”

本周工作安排

1、motif

2、注釋?zhuān)ㄓ胕mmunarch+VDJtools抗原預(yù)測(cè)）

3、找高頻CDR3

4、氨基酸序列圖

這部分是將找到的kmers（motif），根據(jù)特定的長(zhǎng)度，列出每個(gè)相同長(zhǎng)度的motif在每個(gè)樣本中的count，由于一開(kāi)始我設(shè)想CDR3的長(zhǎng)度是15-25，所以設(shè)置了k=15、17、19、21、23、25，但由于發(fā)現(xiàn)找不到長(zhǎng)度為24和25的motif，故刪去。

然后發(fā)現(xiàn)一組的數(shù)據(jù)量太大跑不起來(lái)，故每組分為兩部分。AC1代表AC組第一部分，AC2代表AC組第二部分，以此類(lèi)推。為了簡(jiǎn)潔此筆記只放同組的第一部分，因第二部分圖片與第一部分結(jié)果類(lèi)似。

可以看到這時(shí)當(dāng)k=15時(shí)序列出現(xiàn)次數(shù)最多在60多。

當(dāng)k=17時(shí)count數(shù)最多在15，大多在5以下。

當(dāng)k=19、21、23時(shí)，count都在1-2。

當(dāng)BL的k=15時(shí)，count最多在30多。后面的情況與AC類(lèi)似，當(dāng)k越大，count在1-2。

我覺(jué)得15之后越來(lái)越大，并不是在15-25之間正態(tài)分布，所以試著在15往前推。

當(dāng)k=14時(shí)，最高到了80。

當(dāng)k=14時(shí)，最高到了快200。

當(dāng)k=14時(shí)，到了快200的更多了。

后續(xù)運(yùn)行的時(shí)間更長(zhǎng)，說(shuō)明出現(xiàn)的kmers更多，我覺(jué)得這樣不對(duì)，這部分是找motif，而不是CDR3序列，所以越短越多。故先不找motif，把注意放在CDR3。

老師的想法是合成一個(gè)樣本來(lái)注釋。那就找拼接矩陣的方法

但是我用求和的方式是不是能達(dá)到同樣的目的：

以及用VDJtools的時(shí)候能得到抗原信息，如CMV的抗原。immunarch包的注釋是cdr3信息。

找高頻CDR3，我的想法還是用pr.aav這個(gè)表格，運(yùn)行不出的原因是因?yàn)橛?jì)算量太大，假設(shè)一個(gè)樣本有8萬(wàn)行，一組樣本就是800萬(wàn)行，故再根據(jù)count數(shù)>10進(jìn)行過(guò)濾掉近80%的數(shù)據(jù)。

用immunarch包的命令“pubRep”得到所有樣本共享的CDR3序列，得到的表格會(huì)根據(jù)此CDR3序列在樣本中出現(xiàn)的次數(shù)由高到低排列，那在表格靠前的就是篩選出的高頻CDR3序列

但是我得到的表格，前58行CDR3.aa是NA，只有V.name信息，后面開(kāi)始基本都有CDR3.aa信息，我的理解是，一些V基因單獨(dú)使用的更頻繁，之后才是V和CDR3一起使用，所以表格的NA是正常的。和兩位老師交流過(guò)認(rèn)為沒(méi)有問(wèn)題，可以直接使用之后的CDR3序列。

然后有關(guān)將CDR3序列聚類(lèi)，在immunarch包中對(duì)公共克隆型聚類(lèi)用upset圖，導(dǎo)師的意思是將同組樣本合一，若將一組的100個(gè)樣本合一導(dǎo)致數(shù)據(jù)量太大，可以合成5-10個(gè)小群體。以此做下圖會(huì)美觀。

下面的弦圖，也是同樣的思路將同組樣本合一，看共享的情況如何。

之前注釋得到的表格，第一列是CDR3信息，不是抗原預(yù)測(cè)的表格，可以利用此序列信息在四組中做韋恩圖看交集情況。

在共享的克隆型、pr表格中，我認(rèn)為Sample這一列，96%的數(shù)據(jù)是“1”，也就是說(shuō)此序列在樣本中只出現(xiàn)了一次，我理解為是獨(dú)特的克隆，而不是共享的克隆呢，故再命令： pr.aav =10的序列，這樣又在原來(lái)的第一次過(guò)濾（濾去90%）的基礎(chǔ)上過(guò)濾了90%的數(shù)據(jù)，才得到了共享序列的表格，但是我用第二次過(guò)濾得到的數(shù)據(jù)做獨(dú)特克隆型數(shù)目的圖來(lái)驗(yàn)證這批數(shù)據(jù)是否“有效”（即保留下代表每組特異信息的主要序列），差異較?。╬=0.02），導(dǎo)師認(rèn)為p小于0.05還是有意義，所以我想設(shè)置count＞=3，這樣會(huì)過(guò)濾大部分?jǐn)?shù)據(jù)，保留更多的組間差異，同時(shí)也能讓pubRep跑起來(lái)。

老師認(rèn)為由于我篩選的是TCR的擴(kuò)增數(shù)（count），所以在尋找病人間相同的TCR（新冠特異性TCR時(shí)），要將count作為權(quán)重考慮進(jìn)去。

老師的意思是將每組內(nèi)所以樣本合為一組做氨基酸序列圖。我想，將樣本合并的話(huà)，同時(shí)相同的序列也要合并，count數(shù)再相加，這樣的意思不就是公共克隆型在做的事嗎。但是做序列圖的話(huà)由于縮放代表出現(xiàn)的頻率，如果用公共克隆型的表格，不能顯示出序列的擴(kuò)增數(shù)。

所以如何設(shè)置序列的權(quán)重是一個(gè)問(wèn)題，將所有序列合并必須考慮到序列權(quán)重，不能將pub表格作為樣本導(dǎo)入。也不好把pub改成vdjtools格式。有了每組的代表性數(shù)據(jù)后，還可以做一些overlap。

看了一下AC組count10的文件總共是59Mb，AC組count3的文件總共是345Mb，未過(guò)濾的vdjtools一個(gè)樣本就有200多Mb，所以我認(rèn)為可以把每組count3的所有文件合為2個(gè)樣本，也能順利導(dǎo)入R，這樣每組兩個(gè)樣本，一共6個(gè)樣本。

找循環(huán)拼接表格的方式

再將得到的csv轉(zhuǎn)為tsv，再用xls的篩選功能，根據(jù)count數(shù)降序。

做出來(lái)的圖感覺(jué)自己都解釋不清楚。。不知道能不能這樣合并表格。

把健康人的數(shù)據(jù)也同樣處理后合并。但差異依舊“不太合理”。

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