1、illu

illu發(fā)音

英：　　美：

illu中文意思翻譯

常見釋義：

伊盧

illu相似詞語短語

1、dilatator definition───擴張器定義

2、vile definition───卑鄙的定義

3、with my family───和我的家人在一起

4、ass pillow───屁股枕頭

5、light filter───n.濾光器；n.[光]濾光器（等于colourfilter）

6、billy crystal───[人名]比利克里斯托

7、give a bill───付賬單

8、reptilian records───爬行動物記錄

9、swinerton builders───斯溫頓建筑商

10、frail synonym───脆弱同義詞

2、生信全書 挑 第一節(jié):芯片基礎(chǔ)知識

基因芯片 ：是固定在某種介質(zhì)上（比如玻璃或石英平面、微粒等）的一系列微小特征序列的（通常是 DNA 探針）的集合，它們可以被用于定性或者定量檢查樣品內(nèi)特異核酸分子的成份。

學(xué)習(xí)重點：

在中心法則上，芯片的制備和使用涉及到 DNA 復(fù)制，DNA 轉(zhuǎn)錄出 RNA，以及 RNA 逆轉(zhuǎn)錄到 DNA。待檢核酸樣本與探針結(jié)合遵循堿基互補配對原則。

目前的商業(yè)芯片都還會 再把 cDNA 轉(zhuǎn)錄為 cRNA 進(jìn)行檢測 ，這樣再進(jìn)行一次轉(zhuǎn)錄有 2 個意義:

第一，RNA 與DNA 間的互補結(jié)合，較兩條 DNA 鏈間更為牢固，我們使用的是 DNA 探針，則 DNA 和 cRNA 結(jié)合的敏感性高于 DNA 和 cDNA;

第二，在體外，DNA 到 RNA 的大量轉(zhuǎn)錄非常簡單，所以從 cDNA 到 cRNA，使得待測核酸又進(jìn)行了大量擴增，即使原來低豐度的 mRNA 也更好檢測。

芯片設(shè)計、靈敏度高、重復(fù)性高，穩(wěn)定性好、產(chǎn)品線豐富、表達(dá)譜芯片覆蓋物種廣泛、通用性

Affymetrix 公司表達(dá)譜芯片的制作芯片采用的是 光蝕刻技術(shù) ，光蝕刻引導(dǎo)短探針合成，多位點設(shè)計。

每一 張芯片上又劃分出 650-680 萬個小格子，被稱為一個“ Feature ” ，即探針合成點或探針檢測單元，上面會通過高密度點陣技術(shù)和光蝕刻技術(shù)生長出幾百萬個具有相同序列DNA鏈，也就是探針。

一個通光孔對應(yīng)一個 Feature，有少數(shù)通光孔是通光的，則那些對應(yīng)的 feature 是亮的，被稱為 deprotected features，即“失保護(hù) features”。通光的 feature 是允許添加一個新的核苷酸的。

接頭分子“L” ：添加第一個 DNA 核苷酸的起點

光敏阻斷分子 ：是一種阻止 DNA 延長反應(yīng)的保護(hù)劑分子，用紅色小三角形表示。

3’IVT 芯片為例：

加入提取的待檢測的轉(zhuǎn)錄組 RNA→先通過逆轉(zhuǎn)錄得到第一鏈的 cDNA→緊接著就通過復(fù)制合成第二鏈的 cDNA變成雙鏈 cDNA 之后，這個雙鏈 cDNA 就可以作為接下來轉(zhuǎn)錄的模板了。

用摻有生物素標(biāo)記的 UTP 的 4 個單核苷酸的混合物，進(jìn)行 體外轉(zhuǎn)錄 ，轉(zhuǎn)錄得到 cRNA （轉(zhuǎn)錄出來的 cRNA 片段是帶有生物素標(biāo)簽的）。

cRNA 打成片段后再依照堿基互補的原則與芯片上的 探針 進(jìn)行 雜交 ，將未結(jié)合的 cRNA 片段 洗脫 后，用標(biāo)記了藻紅蛋白的鏈霉親合素 ( SAPE )對芯片進(jìn)行 染色 ?？砂l(fā)出 紅色熒光 ， 有一步熒光信號放大過程。最后進(jìn)行 激光掃描 ，得到一張有著密密麻麻光點的圖片，這張圖片也就是熒光信號的矩陣。

光點的 X、Y 軸的位置，也就是探針的 ID 號。

光點的 (光)強度 ，也就對應(yīng)著被雜交到的 cRNA 的量 反映了對應(yīng)基因的 mRNA 的表達(dá)量 。

3'端表達(dá)譜芯片 3´IVT：缺點：①很多同源基因是區(qū)分不開的；②不能區(qū)分轉(zhuǎn)錄本，所以不能用于研究基因可變剪接。③價格上沒有優(yōu)勢。

全轉(zhuǎn)錄組芯片 WT：①結(jié)果準(zhǔn)確；②全轉(zhuǎn)錄本表達(dá)譜；③可變剪接的分析；④檢測長鏈非編碼RNA（LncRNA）

Tiling 芯片 ：疊瓦式芯片、嵌合芯片，用于尋找和發(fā)現(xiàn)新轉(zhuǎn)錄本以及結(jié)合染色質(zhì)免疫共沉淀實驗研究蛋白和基因互作。目前分辨率最高的基因芯片類型，可以用作全轉(zhuǎn)錄組分析。

SNP 芯片 ：常用來做 GWAS(讀作 G-was)研究。

CNV 研究 ： SNP 芯片，還可以使用 OncoScan 和 CytoScan 系列。

定制芯片 ：石蠟標(biāo)本芯片(X3P Array)

甲基化芯片 ：都被經(jīng)典的 Illunima 的 850K 和 450K 霸占了

優(yōu)勢 ：

1)上樣量低

2)重復(fù)性高且檢測通量大

3)特異性高

4)數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性高

5)檢測的費用相對低廉。

Illumina的芯片分兩種，：SAM和右邊的 Sentrix BeadChip，表達(dá)譜芯片一般為Sentrix BeadChip，它由硅片和二氧化硅微珠兩部分組成。通過微機電系統(tǒng)技術(shù)等離子蝕刻，在硅片上蝕刻出許多個排列整齊的小孔。

專家認(rèn)為把芯片掃描技術(shù)帶入到 臨床質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn) 是將全基因組染色體分析的優(yōu)勢 推廣到臨床領(lǐng)域的一個重要里程碑。

Agilent 的基因芯片應(yīng)用的是 噴點式化學(xué)原位合成 技術(shù)(SurePrint 技術(shù))，檢測原理也是基于 3’IVT 原理。

優(yōu)點 ：

1)獨特的 SurePrint 原位合成技術(shù)、

2)靈活方便的定制服務(wù)、

3)cRNA 鏈上直接標(biāo)記 Cy5 熒光基團(tuán)，檢測過程快、

4)檢測線性范圍更大、

5)60-mer 長探針，特異性好、

6)樣本用量少，節(jié)約珍貴樣本、

7)可選擇雙色(通道)芯片檢測

3’IVT：

第一個問題，Affymetrix 的 U133 系列、PrimeView 和 Agilent 的 SurePrint G3 都是 3’IVT

第二個問題，轉(zhuǎn)錄本水平的檢測或可變剪接的研究選擇什么芯片?

第三個問題，研究LncRNA用什么芯片?

對于其他要求，比如定制化芯片、雙色芯片等，肯定優(yōu)先選擇 Agilent。

如果樣品珍貴，建議選擇Agilent的SurePrint G3 Human Gene Expression v3 8x60K Microarray和Illumina的Human HT-12 V4，上樣量相對較小。

追求性價比，也建議選擇Agilent的SurePrint G3 Human Gene Expression v3 8x60K Microarray 和 Illumina 的 Human HT-12 V4。

其他芯片

首先 RNA-Seq 的技術(shù)優(yōu)勢是: 1)不需要物種或轉(zhuǎn)錄本特異性探針;

2)它可以檢測新的轉(zhuǎn)錄本、基因融合、SNPs(包括突變)、INDELs(小插入和缺失)以及芯片無法檢測到的其他未知的變化，而芯片是個相對封閉的系統(tǒng)，即只能對已知的序列進(jìn)行檢測;

3)有更寬的動態(tài)范圍；如果選擇測序，還要注意:一是建庫類別，即全基因組還是全外顯子組測序，二是測序深度

芯片 的優(yōu)勢：

芯片進(jìn)行定量會更為準(zhǔn)確，而測序具有一定的偏好性；

研究低豐度轉(zhuǎn)錄本（基因）或者樣本為石蠟包埋組織（RNA 降解嚴(yán)重），同樣價位測序深度不高時，芯片較為合適；當(dāng)然不同的芯片的準(zhǔn)確度和適用情況也不同，也需要做好篩選；

一張芯片可以同時對多組學(xué)（如編碼基因表達(dá)、LNCRNA 和 mRNA）進(jìn)行檢測，而測序則由于建庫方法的限制，一般要對它們進(jìn)行分別檢測芯片的實驗周期通常約為測序的一半時間或者更短；

根據(jù)研究材料、目的和性價比選擇最合適的方法